Само по себе контрактное условие конфиденциальности не является оправданием для отказа в предоставлении информации по запросу СМИ. Коммерческая тайна - да, может быть. Но тогда компания обязана была в трехдневный срок выдать письменный отказ с указанием именно уважительной причины. Поскольку проект российский - действует российское законодательство. При условии, конечно, что Ъ дал письменный запрос (а я думаю, что так и было).
Это очень сложно понять, тем более иностранцам, живущим по другим законам, но вообще по закону о СМИ информацию обязана предоставлять та организация, к которой обратились - за исключением государственной или коммерческой тайны. Не скажу, что Ъ абсолютно прав, но это обычная в таких случаях практика. Информация, если она нужна редакции, все равно пойдет в печать, а вот в каком виде - зависит от лица, к которому обратились.
Имеют полное право потребовать опровержения, если инфа не соответствует действительности.

Газета действительно имеет право преподносить материал так, как считает нужным, это правда. Даже в случае предоставления информации. Если нет прямой речи - тот, кто дает информацию, не вправе даже потребовать, чтобы ему показали материал перед тем, как он пойдет в печать. Тем более если в информации отказано.
Фирма американская, да. Но речь-то о российском проекте для российской газеты.
Выход был - и в российских условиях применяется постоянно. Тот, к кому обратились за информацией, если он по причинам, которые считает уважительными, не может дать ее сам - просто организует ее получение из другого источника, В данном случае - от российской стороны, но не посылая журналиста по кругу, а обеспечив ему доступ к информации, то есть договорившись с российской стороной. Тоже обычная практика. То есть получилась несогласованность действий и взаимное непонимание реалий.

А для Ъ такие вещи вообще довольно характерны. Дело в том, что у меня одно время редактором был бывший сотрудник Коммерсанта. Это было иной раз жестоко, но многому научило - дело-то в том, что он был выпускающим, и порой, почти ничего не меняя, перекраивал материалы так, что смысл менялся на прямо противоположный, в результате чего возникал скандал, который очень долго все потом обсуждали. То есть тут вопрос очень непростой - в лужу ли села газета или добилась того, чего хотела.
А что за статья-то? Я как-то Коммерсант не отслеживаю.